Rutkiewicz dostał podczas afery Cofidisu, niejako "przy okazji". Przeciw niemu i Majewskiemu świadczyło to że opiekował się nimi Madejak, główny "mózg" afery zdaniem Francuzów. Bo trudno do dowodów obciążających zaliczyć kreatynę znalezioną przy nim podczas rewizji.
Fakt, dostał chyba parę miesięcy paki w "zawiasach" ale zdyskwalifikowany nigdy jako kolarz nie był. Żabojady aby wyjść z tej sprawy z twarzą musieli mu coś wlepić, choć na światło dzienne wyszły najrozmaitsze przekręty i fałszerstwa policjantów prowadzących śledztwo. M.in. sfałszowany test DNA gdzie włosy do testu pochodziły od osób trzecich, podpis pod zeznaniami Cedrica Vasseura także został sfałszowany, Majewskiemu podczas przesłuchań grozili bronią, itp. Jak sie okazało że w sieci wpadły tylko płotki i osoby poboczne to się próbowali wycofać, co innego gdyby chodziło o Armstronga

.
I przez to Rutkiewicz stracił parę ładnych lat i możliwości, a niektórym wciąż może kojarzyć się z tamtą aferą. Oczywiście nie twierdzę że był niczego nieświadomym dzieckiem we mgle, które nie ma pojęcia co dzieje się w ekipie.